（一）法律規(guī)范的原則性、滯后性與審判實踐的可操作性之間的沖突
民法通則第八十三條只規(guī)定了處理不動產(chǎn)相鄰關系的一般原則，新實施的我國物權法雖對相鄰關系進行了細化，為法律的適用提供了依據(jù)。但審判實踐中如何在相鄰關系糾紛的當事人之間尋求衡平，如何把握不動產(chǎn)權利人行使所有權或使用權時應予“限制”和“擴張”的度，成為審理此類案件的一個難點。由于法律法規(guī)的缺失致使法官在裁判時缺乏相應的參照標準，容易造成尺度不一，裁判結果也往往難以使當事人心服口報。此外，當當事人以地役權、建筑物區(qū)分所有權或物業(yè)管理合同等民事法律關系提起相鄰關系的訴請時，是適用侵權、違約的法律規(guī)定，還是適用相鄰關系的法律規(guī)定？特別是當某種行為構成侵權或違約，但屬于相鄰方“容忍義務”之范圍時，應如何適用法律？
（二）行政法律規(guī)范與民事法律規(guī)范之間的沖突
從行政法律關系角度講，建設方進行建設施工經(jīng)過行政主管機關的規(guī)劃許可，其所實施的行為具備合法手續(xù)，屬于依法成立的范疇；而從民事法律關系角度看，建設方的建設施工行為，確實在不同程度上給相鄰方造成了采光妨害、不可量物侵害、財產(chǎn)損害等，有的妨礙（如采光妨害）如果不對建筑物進行改造或拆除，就不會消除，相鄰方要求停止侵害、排除妨礙，有其合理性和法律依據(jù)；但從社會價值和法律效果的角度看，停止施工，拆除建筑物所帶來的后果不僅是巨大的經(jīng)濟代價和眾多善意第三人利益的損失，而且與行政機關作出的行政審批行為相矛盾。在這種情況下，特別在是當事人未經(jīng)行政訴訟而提起民事訴訟時，法官應如何適用法律？
（三）訴訟程序公正與實體公正難以有機統(tǒng)一
最高人民法院提出“公正與效率”的世紀主題，但在審理相鄰關系糾紛案件時，二者往往難以做到有機統(tǒng)一。如有些案件當事人爭議標的損害程度輕微，而鑒定費用則需花費幾千元甚至更多，且有的鑒定結論只能證明損害原因或者損害結果，卻不能證明該原因與被告行為之間的因果關系，所出的鑒定結論沒有多大意義，不僅延長了案件的審理周期，同時還增加了訴訟成本；而有些鑒定還需要向鑒定機構提供相關的材料，進行現(xiàn)場勘察，一方當事人不予配合，給法院順利審結案件帶來了障礙。
（四）群體性訴訟中權衡利益的司法難題
群體性訴訟社會影響大，當事人對峙程度深、矛盾難以協(xié)調(diào)。如何協(xié)調(diào)程序公正和實體公正的關系，如何把握法律效果和社會效果的統(tǒng)一，就成為審理此類糾紛的難點。審判工作中主要表現(xiàn)為：1、追求公平與正義的司法價值與服從當?shù)亟?jīng)濟建設大局之間的兩難選擇；2、群體一方片面的司法公正觀念與司法固有的審判規(guī)律之間的沖突難以調(diào)和。群體一方往往以裁判結果是否勝訴作為衡量司法是否公正的統(tǒng)一標準，而不考慮司法運行中諸如程序欠缺、證據(jù)失權等，也會導致敗訴等固有的審判規(guī)律運行結果；3、司法權的有限性與群體訴訟一方目的的多樣性存在落差。有些群體性糾紛中的群體一方向法院起訴尋求公平與正義的背后，實質(zhì)是尋求社會資源的重新配置，獲取訴訟請求之外的更大利益。
（五）相鄰權訴訟時效認識不同
《民法通則》和《物權法》對相鄰權的訴訟時效未作規(guī)定，《民法通則》在第141條規(guī)定：“法律對訴訟時效另有規(guī)定，依照法律規(guī)定。”因而在審判實務中對相鄰權糾紛是否適用訴訟時效規(guī)定，存在不同認識，一種觀點認為，相鄰權關系是一種與一定事實關系或法律關系相始終的權利，不適用訴訟時效的規(guī)定；另一種觀點認為，相鄰權是一種請求權應適用訴訟時效的規(guī)定,從而導致在審判實踐中，基于認識的不同而做出了不同的裁決，影響了法律適用的統(tǒng)一性。
（六）物權請求權與侵權請求權競合的法律如何適用
如前如述相鄰關系糾紛存在物權請求權與侵權請求權的競合問題。不同的請求權有不同的特點，如何向當事人釋明請求權，當事人基于不同的請求權提起訴訟，法律如何適用也是相鄰關系糾紛案件審理中常遇到的疑難問題。
（七）相鄰關系糾紛舉證責任的分配問題
原則上，請求法院判令相鄰關系人承擔相鄰關系民事責任的一方當事人系基于侵權請求主張相鄰義務人承擔民事責任的，故相應的侵權請求權的成立與否，應由主張相鄰民事責任的相鄰權利人負擔舉證責任。但是侵害相鄰關系的侵權行為形式和內(nèi)容的多樣性以及訴訟過程發(fā)展的變化，在個案中，法官如何對舉證責任進行分配及釋明，在司法實務中亦是一個難題。
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